El gran temple, carácter y calidad de Germán, lo llevaron a los Juegos Olímpicos de Atlanta 96 y más tarde a la Selección Mayor para disputar la eliminatoria rumbo a la Copa Mundial de Francia 98.
Se convirtió en un indiscutible en la escuadra azulcrema, dando siempre lo mejor de sí en cada encuentro que disputaba; es por eso que en 1998 Manuel Lapuente lo convocó para jugar el Mundial de Francia en el que se convirtió en una pieza clave para el equipo nacional.
Al terminar su participación en Francia 98, Germán Villa fue fichado por el Espanyol de Barcelona, equipo en el que jugó durante un año, para después regresar a México con los Rayos de Necaxa.
En el año 2000, Germán Villa regresaría a Coapa para lograr dos títulos de Liga: Verano 2002 y Clausura 2005, además de un Campeón de Campeones (2004-2005) y una Copa de Campeones de la CONCACAF (2006).
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